O INCT-EM tem como missão promover a pesquisa científica de alta qualidade, a educação e a difusão do conhecimento dentro do contexto da entomologia contemporânea.

Assim, o INCT-EM tem os objetivos de ampliar o conhecimento entomológico fundamental, com ênfase no estudo de vetores de doenças (humanas, veterinárias e de plantas) e pragas agrícolas e transformar o Brasil em um dos países líderes na pesquisa na área de Entomologia Molecular no mundo e contribuir para o desenvolvimento de novas metodologias para a vigilância e o controle de vetores e pragas e ampliar a formação de pessoal científico qualificado na área de entomologia molecular.